Wisuda di Universitas Mulawarman dilakukan 4 kali dalam setahun yakni pada bulan Maret, Juni, September dan Desember. Jadwal pelaksanaan wisuda dibuat oleh Biro Akademik dan Kemahasiswaan (BAK) Universitas Mulawarman dan biasanya menyesuaikan dengan kondisi yang ada. Waktu pelaksanaan Yudisium sebagai wisuda kecil di tingkat fakultas dilaksanakan beberapa hari sebelum wisuda. Jadwal yudisium dibuat oleh Bagian Akademik masing-masing fakultas. Yudisium ditandai dengan pengalungan medali, penyerahan transkrip nilai pada peserta yudisium yang akan dikukuhkan sebagai sarjana, magister atau doktor pada saat wisuda di tingkat univesitas.

Untuk dapat mengikuti yudisium dan wisuda maka mahasiswa yang telah dinyatakan lulus ujian tesis dengan nilai minimum 70 harus mendapatkan Surat Keterangan Lulus (SKL) dari pengelola prodi, memperoleh skor TOEFL atau EPT sesuai dengan ketentuan dari UPT Bahasa Unmul dan surat bukti telah menyerahkan hardcopy dan softcopy tesis ke UPT Perpustakaan Unmul. Dengan menggunakan 3 syarat tersebut, mahasiswa dapat mendaftarkan diri secara online melalui http://wisuda.unmul.ac.id. Pendaftaran yudisium sendiri dilakukan di fakultas dengan beberapa persyaratan tambahan antara lain menyerahkan poster hasil penelitian berikuran 70 x 70 cm untuk dipajang dan ditampilkan pada saat yudisium.