Program Pascasarjana (PPs) Program Studi S3 Ilmu Kehutanan (PS S3IK) Universitas Mulawarman dibuka atas dasar kemampuan dan potensi yang dimiliki oleh Fakultas Kehutanan Universitas Mulawarman dan tuntutan pembangunan serta pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi guna peningkatan sumberdaya manusia baik secara nasional maupun regional.
Program S3 (Doktor) Program Studi Ilmu Kehutanan, melalui surat ijin Dirjen Dikti No. 2368/D/T/2001 dan perpanjangan ijin S3 No. 3965/DT/2006 tanggal 19 Oktober 2006, dibuka secara resmi dan telah menerima mahasiswa setiap tahun. PPs PS S3IK Unmul merupakan program pendidikan pascasarjana doktoral (strata 3) yang bersifat oligodisiplin yang terdiri dari 1) Bidang Ilmu Manajemen Hutan (terdiri dari Sub-bidang Ilmu Perencanaan Hutan, Politik, Sosial & Ekonomi Kehutanan, Biometrika Hutan dan Pemanenan Hasil Hutan); 2) Bidang Ilmu Budidaya (Pembinaan) Hutan (terdiri dari Sub-bidang Ilmu Silvikultur, Tanah Hutan dan Perlindungan Hutan); 3) Bidang Ilmu Konservasi Sumberdaya Hutan (terdiri dari Sub-bidang Ilmu Konservasi Tanah & Air, Ekologi Hutan dan Pengelolaan Satwa Liar) dan 4) Bidang Ilmu Teknologi Hasil Hutan (terdiri dari Sub-bidang Ilmu Industri Hasil Hutan dan Ilmu Sifat-sifat Kayu). Dan terakhir melalui SK Rektor (2008) dibuka minat studi Sosial Ekonomi dan Lingkungan Kehutanan.
PPs PS S3IK Unmul merupakan program pendidikan yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor dan dalam penyelenggaraannya berkoordinasi dengan Program Pascasarjana dan Fakultas Kehutanan UNMUL. Pusat kegiatan belajar mengajar dan administrasi berada di gedung PPs PS S3IK UNMUL, Jl. Ki Hajar Dewantara nomor 2, Gedung A5-A6 (Rektorat lama), Kampus Gunung Kelua Samarinda kurang lebih 4 km dari tepian Sungai Mahakam (Kantor Gubernur).
Kalimantan Timur, di mana Universitas Mulawarman berada, merupakan daerah yang masih tergolong kaya akan sumberdaya alam termasuk hutan, sehingga PS Ilmu Kehutanan Unmul dengan Pola Ilmiah Pokok (PIP) Hutan Hujan Tropis menjadikan dirinya sebagai pusat pengkajian dan konsultasi di bidang kehutanan bagi masyarakat atau berbagai pihak baik lembaga pemerintah, swasta maupun lembaga swadaya masyarakat.