Waktu penerimaan mahasiswa baru dapat dilaksanakan dua kali dalam setahun (double intake) sesuai dengan Surat Keputusan Rektor Universitas Mulawarman No. 868/SK/2017 Tentang Penerimaan Calon Mahasiswa Baru Program Pascasarjana (S2) dan Program Doktor (S3) di Lingkungan Universitas Mulawarman Tahun Akademik 2017/2018. Namun demikian hingga tahun akademik 2017/2018, PSMIK hanya menyelenggarakan penerimaan mahasiswa baru satu kali dalam setahun yakni di semester ganjil (Juli – Agustus). Di PSMIK, penerimaan calon mahasiswa baru dimulai sejak awal tahun (Januari – Pebruari) yang diawali dengan persiapan promosi, penggandaan materi promosi dan pengiriman brosur promosi ke berbagai lembaga pendidikan yang berpotensi untuk mengirimkan alumninya lanjut ke PSMIK.
Pada awal tahun, PSMIK dapat melayani calon mahasiswa yang akan mengurus surat tugas/izin belajar. Kasus ini biasanya terjadi manakala calon mahasiswa baru telah bekerja di instansi pemerintahan khususnya Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan. Pelayanan yang diberikan biasanya berbentuk surat menyurat untuk kelengkapan berkas pengajuan tugas/izin belajar. Prodi Magister Ilmu Kehutanan juga melayani konsultasi bagi calon mahasiswa baru yang akan mengikuti seleksi beasiswa misal beasiswa afirmasi LPDP yang biasanya pendaftaran dibuka pada bulan Pebruari – April tahun berjalan. Oleh karenanya pada awal tahun dimungkinkan dilakukan kegiatan pendaftaran dan seleksi masuk bagi calon mahasiswa yang bermaksud mengajukan beasiswa LPDP atau beasiswa lainnya yang memiliki tenggat waktu pendaftaran jauh lebih awal daripada jadwal penerimaan normal.
Terkait dengan pendaftaran mahasiswa baru ini, Rektor Unmul telah menyusun bagan alir pendaftaran jalur mandiri penerimaan mahasiswa baru program magister dan doktor yang merupakan Surat Keputusan No. 868/SK/2017 Tentang Penerimaan Calon Mahasiswa Baru Program Pascasarjana (S20 dan Program Doktor (S3) di Lingkungan Universitas Mulawarman Tahun Akademik 2017/2018 yang dilampiri sebagaimana gambar 4 di bawah ini.
Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan No. 59/PMK.05/2015 tentang Tarif Layanan Badan Layanan Umum Universitas Mulawarman Samarinda pada Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi,besarnya Sumbangan Pembinaan Pendidikan (SPP) Program Magister Ilmu Kehutanan adalah sebesar Rp8.500.000 (Delapan juta lima ratus ribu rupiah) per mahasiswa per semester. Dalam empat semester awal, diharapkan mahasiswa dapat menyelesaikan studinya. Apabila menemui kendala sehingga penyelesaian studi tidak dapat diselesaikan dalam 4 semester, maka kebijakan penyesuaian SPP dapat dilakukan atas dasar SK Rektor Unmul No. 446/KU/2013 yakni mahasiswa dapat memprogramkan sejumlah SKS di dalam rencana studinya dengan biaya Rp650.000 per SKS.